(1)試劑貯存和準備區

　　該實驗區主要進行的操作爲貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送至該區，不得經過其他區域。試劑原材料必須貯存在本區内，并在本區内制備成所需的貯存試劑。對與氣流壓力的控制，本區應對外界保持微正壓。

　　(2)标本制備區

　　該區域主要進行的操作爲樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴增反應管和測定DNA的合成。本區的壓力梯度要求爲：相對于鄰近區域爲正壓，以避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。另外，由于在加樣操作中可能會發生氣溶膠所緻的污染，所以應避免在本區内不必要的走動。

　　(3)擴增和擴增産物分析區

　　該區域主要進行的操作爲DNA擴增和擴增片段的測定。此外，已制備的DNA模闆(來自樣本制備區)的加入和主反應混合液(來自試劑貯存和制備區)制備成反應混合液等也可在本區内進行。本區的壓力梯度要求爲：相對于鄰近區域爲負壓，以避免氣溶膠從本區漏出。爲避免氣溶膠所緻的污染，應盡量減少在本區内的不必要的走動。個别操作如加樣等應在超淨台内進行。

　　3、污染的預防與控制

　　PCR實驗室設計的核心問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型：擴增産物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染以及标本間的污染。由于一旦發生污染，實驗就必須停止，直到找到污染源爲止，而且實驗結果必須作廢，需重新進行實驗。所以發生污染後再圍繞實驗室來尋找污染源不但耗時而且繁瑣，浪費人力物力。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。

　　(1)工作區域的嚴格劃分

　　各個實驗區域設置合理；各個實驗區域要有明顯的标記（如醒目的門牌或不同的地面顔色等），以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。

　　(2)合理的系統設置

　　合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統；嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區内不同的壓力要求。

　　(3)規範的操作

　　擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，經培訓合格後才能從事臨床基因擴增檢驗的工作；在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。此外，操作中使用一次性帽子也是一個有效地防止污染的措施；清潔工作及時、正确。實驗工作結束後，必須立即對本區進行清潔。除常規的消毒液體對表面進行擦拭消毒或紫外線燈的照射消毒外，對一些實驗設備還應進行高壓消毒處理。

　　(4)嚴格的管理

　　嚴格控制進出實驗室的人員。與實驗無關的人員不得随意進出實驗室，有條件的情況下要設置獨立的通道和進出整個實驗區的門；盡量減少在實驗區内不必要的走動以減少交叉污染的可能性；擴增産物分析區是最主要的擴增産物污染來源，廢液不能在實驗室中傾倒，必須經消毒液浸泡消毒後在遠離實驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應經消毒液浸泡消毒後統一處理，如焚燒等；擴增産物分析區可能會用到某些可緻基因突變和有毒物質，應特别注意實驗人員的安全防護。

　　(5)完備的實驗室配套設施

　　完備的實驗室配套設施是保證實驗工作的必要條件，應根據各個實驗室實驗内容的不同配備相應的設備和儀器，如超淨工作台、離心機、加樣器等。